קיבוע חנקן ביולוגי מתייחס לתהליך שבו מיקרואורגניזמים מקובעים חנקן מפחיתים חנקן באטמוספרה לאמוניה. אורגניזמים מקבעי חנקן שייכים לפרוקריוטים זעירים בודדים. לכן, אורגניזמים מקבעי חנקן נקראים גם מיקרואורגניזמים מקבעים חנקן.