מיקרואורגניזמים סימביוטיים המקבעים חנקן יכולים לקבע חנקן מולקולרי באוויר רק כאשר הם מועילים הדדיים עם צמחים. ניתן לחלק מיקרואורגניזמים סימביוטיים לקיבוע חנקן לשתי קטגוריות: האחת היא Rhizobium, אשר מועילה הדדית עם קטניות, והשנייה היא Actinomyces frankii, שהיא סימביוטית עם לא קטניות כגון אלמון, בייברי ואשחר ים; ציאנובקטריה סימביוטית עם שרכים מימיים כגון הונגפינג (הידוע גם בשם Manjianghong) או ג'מנוזרעונים כגון אורן לוהן.
