רחצה בגוף היא השיטה הנפוצה ביותר של רחצה מינרלית, המאפשרת לגוף האדם ליצור קשר מלא עם המים המינרליים, ובכך לייצר השפעות ביולוגיות משמעותיות. הרכיבים הכימיים במעיינות המינרליים יכולים להשפיע על הגוף בשתי דרכים: מגע ישיר של מים מינרליים על העור;
החומר במים מינרליים נכנס לגוף דרך העור והגוף מסיר חומרים דרך העור למים המינרליים. לדוגמה, אמבט מינרלים היפוטוני יכול להמיס כלוריד, כולסטרול וסוכר בעור; באמבט אביבי חומצי, העור פולט אשלגן וסידן, ובאמבט קפיץ אלקליין, העור פורק כלור. היישום של מחקרים radioisotope אישר כי יונים מסוימים במים מינרליים יכולים להיכנס לגוף במהלך הרחצה, ואת הסכום שנכנס לגוף קשור לטמפרטורת האביב, ריכוז היונים במי המעיינות, ואת זמן הרחצה. קפיצים מינרליים עם מאפיינים פיזיים וכימיים שונים יש השפעות שונות על הגוף. מעיינות חומציים יש השפעות עפיצות על העור; מעיינות אלקליין יכולים לקדם שפיכת אפיתל; מעיינות חנקן יש את ההשפעה של שיפור תפקודי הגוף, בדומה קפיצי ראדון; קפיצי ארסן יכולים להוריד את רמת הסוכר בדם ויש להם השפעות עוינות כגון תירוקסין. ישנם שני סוגים של שיטות רחצה: אופקי וישיבה. המיקום החצי-קשה משמש לרחצה האופקית. המתרחץ צריך לשכב על גבו ולהשרות באמבטיה או באמבטיה, כאשר הראש, הצוואר והחזה חשופים לפני המים, ומשטח המים לא יעלה על מפלס הפטמה. תנוחת הישיבה היא להשתמש בתנוחת הישיבה כדי להשרות באמבטיה, ורק הראש חשוף לפני המים במהלך האמבטיה. האמבטיה האופקית קלה למטופל לקבל פחות נטל על איברי הלב והריאות, ואמבט הישיבה מתאים בעיקר למתרחצים עם מבנה גוף טוב יותר.