מערכת טיהור עצמית מתייחסת למערכת שיש לה מידה מסוימת של טיהור עצמי ויכולת ספיגה של מזהמים סביבתיים. זהו קומפלקס אגרו-אקולוגי שבו מזהמים סביבתיים מטוהרים בעצמם בהנחה שלא יחרוג מהיכולת הסביבתית באמצעות ההשפעות הפיזיקליות, הכימיות והביולוגיות של קרקע חקלאית, צמחים ומיקרואורגניזמים.
