קבוצות פונקציונליות הן אטומים או קבוצות של אטומים הקובעים את התכונות הכימיות של תרכובות אורגניות. קבוצות פונקציונליות נפוצות כוללות הידרוקסיל, קרבוקסיל, אתר, אלדהיד, קרבוניל וכדומה. תגובות כימיות אורגניות מתרחשות בעיקר על קבוצות פונקציונליות, אשר ממלאות תפקיד מכריע בתכונות של תרכובות אורגניות.
